Au 21e siècle une guerre interplanétaire a endommagé l'écosystème de la Terre, l'humanité se retrouve forcée de coloniser les différentes planètes existantes. Dans cette nouvelle société les divertissements sont interdits car ils "perturbent le coeur". 48 ans plus tard, le groupe d'idoles légendaire akb48 est ressuscité sous le nom de AKB0048, de ce faite elles sont considérées comme terroristes. Elles se retrouvent donc de prendre les armes pour défendre leur rêve et leurs fans!
Sur Lancastar, Nagisa, Yûka, Orine et Chieri vont voir le concert des AKB0048 en secret, à présent les quatre jeunes filles n'auront qu'un seul souhait: rejoindre les AKB0048! Quatre années plus tard les sélections pour la 77eme génération ont lieu....
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